Zu rechnen ist mit den typischen Nebenwirkungen einer Chemotherapie. Hierzu zählen vor allem Haarausfall, Übelkeit und eine Unterdrückung der Blutbildung mit Verminderung der weißen und roten Blutzellen sowie der Blutplättchen. Dem Auftreten von Übelkeit wird mit der vorbeugenden Gabe entsprechender Medikamente (= Antiemetika) meist effektiv entgegengewirkt. Relativ häufig entwickelt sich im Laufe der Chemotherapie auch eine Schädigung der Nerven im Bereich von Fingern und Füßen, die sich durch Taubheits- oder Kribbelempfindungen bemerkbar machen kann (= Polyneuropathie). Im Zweifelsfall muss das hierfür verantwortliche Medikament Vincristin in der Dosis reduziert oder ganz weggelassen werden. Weitere Nebenwirkungen, wie beispielsweise eine Entzündung der Mundschleimhaut, sind während einer Therapie mit CHOP selten, im Rahmen des B-ALL-Protokolls bei Burkitt-Lymphomen aber häufig. Schädigungen des Herzens oder der Lunge durch einzelne Substanzen der Chemotherapie sind möglich, aber bei entsprechender Beobachtung und Kontrollen mit Herz-Ultraschall und Lungenfunktion sehr selten.